Bên trong chùa là một hang sâu có khí hậu vô cùng dễ chịu, trời nắng thì mát mẻ, trời lạnh thì ấm áp.
Xung quanh chùa Hang là các vách đá tự nhiên. Do đó, đứng trong chùa Hang, nghe tiếng những hạt nước rơi từ những nhũ đá. Quanh sân là những cây cổ thụ đến hàng trăm năm tuổi. Ngư dân Lý Sơn tâm niệm, đến lễ ở chùa hang sẽ được chở che và phù hộ cho những chuyến đi biển bình an.