Trong “Lược sử Phật giáo và những ngôi chùa Quảng Ngãi”, chùa Hoa Sơn là một trong những ngôi chùa có từ lâu đời trên đất Quảng. Chùa do các bậc tiền hiền của bốn họ Phan - Trần- Trịnh - Nguyễn tại Nghĩa Phú đứng ra lập dựng từ năm 1793 - 1800. Sau này, chùa chính thức có tên Hoa Sơn Tự, hoạt động dưới hình thức một ngôi chùa của làng, rồi tồn tại mãi cho đến ngày nay.
Là ngôi cổ tự tồn tại hơn 200 năm, Hoa Sơn Tự được người làng gửi gắm, nhờ lưu giữ, thờ phụng tổng cộng 18 đạo sắc phong của các vua nhà Nguyễn. Theo nhà nghiên cứu Cao Văn Chư, đây là những đạo sắc phong từ thời vua Minh Mạng đến vua Duy Tân. Trong đó, có 16 sắc phong thần cho các nhân vật có công hay ban mỹ tự thêm cho các thần: "Lương Quận công Uy Dũng Công thần, Đoan Nhã Công thần Quảng Quận Công, Trấn Nam Doanh Phó Đô Tướng Dương Vũ Công thần Mai Quý Phủ, cùng đề ngày 24 tháng 9 năm Minh Mạng thứ 3 (1822), sắc phong cho Hưu Lượng Hoành Vĩ Đoan Nhã Công thần Quảng Phủ Quân, Tùng Giang Văn Trung Phi Vận Tướng quân tiến sĩ khoa Kỷ Mùi cùng đề ngày 12 tháng 4 năm Thiệu Trị thứ 3 (1844)... và 2 sắc chỉ cho thôn Phú Thọ ngày ấy tiếp tục thờ phụng các thần.
Không phụ niềm tin của người làng, các sư chùa Hoa Sơn đã luân phiên nhau gìn giữ trọn vẹn 18 đạo sắc phong suốt mấy trăm năm. Kể cả khi trải qua chiến tranh khốc liệt, các đạo sắc phong này vẫn được nhà chùa gìn giữ vẹn nguyên cho đến tận ngày nay. Được nâng niu, lưu giữ trong hộp gỗ sơn son, nên dù đã qua mấy trăm năm, hầu hết các sắc phong này đều vẹn nguyên màu giấy dó, cũng như dấu đỏ son của triện vua ban.
Do được bảo quản cẩn thận, những tờ sắc phong này vẫn giữ được màu sắc nguyên vẹn, dù đã trải qua hàng trăm năm tuổi. 18 sắc phong lưu giữ tại chùa, hiện có các sắc phong đời vua Thiệu Trị, vua Tự Đức, vua Đồng Khánh, vua Duy Tân và vua Minh Mạng.
Nội dung phong là phong “nhân thần” cho những vị quan có công khai phá vùng đất phương Nam gồm: Quang Chiếu Vương, tức Mai Đình Dõng - người được chúa Nguyễn Hoàng giao nhiệm vụ trấn giữ vùng đất Quảng Nam từ năm 1571 đến năm 1602, Lương Văn Chánh, người có công khai mở vùng đất Phú Yên vào năm 1611.
Toàn bộ 18 sắc phong được lưu giữ, có giá trị như những trang sử, nội dung nhắc nhở thế hệ mai sau không quên ân đức các bậc tiền nhân một thời đi mở cõi.
Sắc phong được lưu giữ trong chùa.
Ngoài việc lưu giữ 18 đạo sắc phong từ thời nhà Nguyễn, chùa Hoa Sơn còn có hai pho tượng ông Thiện và ông Ác có từ lâu đời, mỗi tượng nặng khoảng 1,5 tấn, luôn được đặt trước chánh điện. “Theo lời cha tôi kể lại, hai pho tượng này có “tuổi đời” gần 200 năm. Tượng nặng cả tấn, lại cao gấp đôi so với chiều cao của con người. Nhưng ít ai biết rằng, tượng được làm theo cách của người xưa - dùng đất sét trắng trộn với nếp và giấy bổi rồi tạc thành. Vậy mà trải qua bao mưa nắng, đạn bom, tượng ông Thiện, ông Ác vẫn y nguyên, không bị hư hỏng gì cả”, cụ ông Lê Trình (94 tuổi), ở thôn Cổ Lũy Bắc cho hay.
Cũng theo lời các bậc cao niên, chùa Hoa Sơn lưng tựa vào núi, mặt nhìn thẳng ra sông. Thế nên, người làng Nghĩa Phú xưa mới lưu truyền câu: “Hoa Sơn tự cổ kiến Tam Thai”, hàm ý là chùa Hoa Sơn nơi hữu ngạn sông Trà Khúc nhìn qua bên kia tả ngạn sông Trà là thấy núi Tam Thai.
Trải qua bao thăng trầm của thời gian, chùa được trùng tu lần đầu tiên vào thời Pháp thuộc. Sau đó, vào năm 1954, chùa được trùng tu lại lần nữa, nhưng khá đơn sơ. Mãi đến năm 2002, chùa được trùng tu quy mô hơn, với tổng diện tích gần 1.000m2. Hiện tại, chùa Hoa Sơn cũng đang tiếp tục được trùng tu phần chánh điện.
Các sắc phong được lưu giữ cẩn thận nên vẫn còn mới.
Qua nhiều lần trùng tu, tôn tạo, chùa Hoa Sơn ngày càng trở nên khang trang. Song, nhà chùa vẫn giữ lại chiếc cổng tam quan nhuốm màu thời gian như một dấu tích thăng trầm của ngôi chùa cổ. Chiếc cổng tam quan khắc dòng chữ “Chùa Hoa Sơn” đầy rêu phong nằm ngay bên con đường làng nhỏ hẹp, chỉ cách đường Trường Sa chưa đầy 50m. Vậy nên, du khách nếu muốn ghé thăm ngôi chùa hơn 200 năm tuổi nằm ở cuối dòng sông Trà Khúc này, chỉ cần chạy xe đến gần cuối đường Trường Sa rồi hỏi người làng thì ai cũng biết và chỉ đường đến tận cổng chùa.
