Chùa Phúc Chỉ do Chiêu Văn vương Trần Nhật Duật xây dựng sau thắng lợi của cuộc kháng chiến chống quân Nguyên xâm lược. Ban đầu chùa có tên là Thái Tử quán tự, sau đổi là Sùng Nghiêm tự. Đến thời Nguyễn, dưới triều Vua Minh Mạng, chùa được đổi tên thành Chùa Phúc Chỉ như hiện nay.
Chùa Phúc Chỉ được sửa chữa lớn vào thế kỷ XIX, trên cơ sở tiếp thu kiến trúc truyền thống của những thế kỷ trước. Công trình kiến trúc chùa hiện nay được xây dựng theo kiểu chữ sơn, bao gồm tiền đường bẩy gian và ba tòa phía sau tiền đường nằm theo chiều dọc, trong đó tòa ở giữa có ba gian, hai tòa hai bên mỗi tòa hai gian. Cả bốn tòa được làm theo kiểu trùng thềm điệp ốc.
Bảy gian tiền đường đứng vững nhờ bốn hàng cột bằng gỗ lim có đường kính 0,35m đặt trên chân tảng bằng đá. Trên bộ vì chạm khắc hoa lá, vân ám, hoa sen cùng các họa tiết mang phong cách nhà Phật.
Công trình chùa xây dựng theo bình đồ hình chữ “Sơn”, kiểu trùng thềm điệp ốc, bao gồm: tiền đường 7 gian và 3 tòa phía sau tiền đường; trong đó tòa giữa có 3 gian, hai tòa hai bên mỗi tòa 2 gian thờ Mẫu và Chiêu Văn vương Trần Nhật Duật.
Tòa hai gian bên trái là phủ thờ mẫu cũng được thiết kế theo phong cách truyền thống với bộ khung bằng gỗ lim, mái lợp ngói nam.
Nổi bật ở di tích là tháp Cửu Phẩm cao hơn 10m có ghi sáu chữ “Trần triều Thái sư bảo tháp”. Phía trước chùa là ao Nhật, ao Nguyệt thả hoa sen trắng, gác chuông…
Với những giá trị về lịch sử, văn hoá và cách mạng, Chùa Phúc Chỉ được Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch xếp hạng cấp quốc gia năm 1999. Từ khi di tích được Nhà nước xếp hạng bảo vệ và tôn tạo, UBND xã Yên Thắng đã thành lập Ban quản lý di tích và quy định nội quy, quy chế hoạt động cụ thể.
Từ năm 2014 đến nay, nhân dân địa phương, con em xa quê và khách thập phương đã tiến cúng xây dựng các công trình bổ trợ cho di tích như: Nhà thờ Tổ, tượng Bồ Tát, tiểu cảnh non bộ, lát sân nền, xây ao, tường bao…
Là nơi sinh hoạt văn hóa tín ngưỡng, di tích chùa Phúc Chỉ còn là “nhân chứng” lịch sử gắn với cuộc kháng chiến chống Pháp của nhân dân hai huyện Ý Yên, Nghĩa Hưng, là nơi cất giấu, bảo vệ và nuôi dưỡng cán bộ, lãnh đạo Đảng được an toàn.
Chùa Phúc Chỉ ở trên một khu đất rộng 10 mẫu Bắc Bộ bằng phẳng, thoáng mát. Phía trước chùa là cánh đồng lúa rộng rãi, sau chùa là núi Gôi tạo nên phong cảnh sơn thủy hữu tình của một vùng quê trù phú.